Sie wurde 1816 - 1818 an der Stelle der früheren Margaretenkapelle erbaut. Nach der Barockzeit wurde dieser Bau mit einfachen und sparsamen Stilmitteln dieser Zeit, des Klassizismus (in Baden „Weinbrennerstil“ genannt), errichtet. Die innere Ausge­stal­tung und Einrichtung der Kirche war zunächst behelfsmäßig. Es konnten aber zwei Barockaltäre erworben und als Seitenaltäre aufgestellt werden: der Drei-Königsaltar und der Sebastiansaltar; sie wurden 1711 für das Freiburger Münster als Nebenaltäre geschaffen und waren nach der Entfernung der barocken Zutaten aus dem Münster zur Zeit des Kirchbaues gerade feil.

1885 wurde ein von dem landbekannten Offenburger Bildhauer Franz Simmler in Anlehnung an mittelalterliche Stilformen geschaffener Hochaltar aufgestellt. Er wurde bei der Renovierung 1983/84 durch den ehemaligen barocken Hochaltar von Donau­eschingen-Pfohren ersetzt, der mit den Seitenaltären ein harmonisches Bild abgibt. Die Figuren der Kirchenpatrone St. Peter und Paul wurden von dem Opfinger Bildhauer Josef Schäfer in Anlehnung an historische Vorlagen neu gefertigt. Der Simmler-Altar wurde in die neue St. Nikolaus-Kirche in Opfingen übernommen (siehe unten).

Die heutige Orgel wurde 1892 von dem Freiburger Orgelbaumeister August Merklin aufgestellt. Sie prägt mit der Kanzel und Bemalung der Emporebrüstung aus der gleichen Zeit noch heute das Langhaus unserer Kirche. Eine vorhandene gotische Pieta und spätgotische Figur des hl. Sebastian dürften aus der früheren Pfarrkirche in Wippertskirch stammen.

Sie wurde 1984 - 86 vom Freiburger Architekten Michel Geis erbaut, bedingt durch starken Zuzug von Katholiken in dem zur Pfarrei gehörigen, ehemals evangelischen Ort Opfingen. Sie steht am Ortseingang, von Freiburg - Haslach her, und bildet mit ihrem wuchtigen Turm und großen Dach ein harmonisches Gegengewicht zu der auf einer Anhöhe in der Ortsmitte stehenden evangelischen Kirche. Für die Konstruktion und den Innenraum wurden natürliche und für den Breisgau typische Baustoffe verwendet: Holz, Sandstein und geputzte Mauerflächen.

An der Rückwand des Altarraumes wurde der oben unter Waltershofen erwähnte Simmler-Altar aufgestellt; er fügt sich - wie dafür geschaffen - in die Architektur des Raumes ein. Zelebrationsaltar, Ambo und Taufstein hat der Freiburger Bildhauer H. P. Wernet aus rotem Sandstein gefertigt. Auch die Eingangstür aus Eichenholz - mit einer Darstellung des Kirchenpatrones St. Nikolaus, der die Kinder segnet - ist sein Werk.

Die Wahl des Kirchenpatrones St. Nikolaus geschah zur Erinnerung an die ehemalige St.Nikolaus-Kapelle im Opfinger Ortsteil St.Nikolaus.

Wippertskirch (1327 erstmals erwähnt und an der heutigen Straßenkreuzung im Tuniberg zwischen Waltershofen, Merdingen und Opfingen gelegen) war ehemals eine Propstei des Klosters Schuttern mit eigener Gemarkung und Pfarrkirche für Waltershofen und Opfingen. Der Name weist auf eine frühe fränkische Eigenkirche zwischen alemannischen Siedlungen hin. Infolge der Säkularisierung fiel Wippertskirch mit dem Kloster Schuttern an das Großherzogtum Baden. Die Gebäude wurden abgerissen, wobei brauchbares Material zum Kirchbau in Waltershofen verwendet wurde. Die Gemarkung Wippertskirch wurde aufgelöst und an die ehemaligen Gemeinden Waltershofen, Opfingen und Merdingen aufgeteilt.

Der Kirchenführer „St. Peter u. Paul Waltershofen - St. Nikolaus Opfingen“ liegt in den Kirchen auf oder ist beim Kath. Pfarramt Waltershofen-Opfingen erhältlich.